Yayasan Insan Utama didirikan di Yogyakarta oleh sekelompok anak muda aktifis masjid, dengan didorong semangat yang kuat untuk turut mewujudkan masyarakat yang unggul, taqwa, dan mandiri, dengan Akta Notaris Umar Sjamhudi, S.H. nomor 01 tangal 2 April 1998. Yayasan terus berkembang sebagai lembaga sosial masyarakat dengan melakukan berbagai program dan aktifitas dakwah di masyarakat berupa kajian-kajian Islam, perintisan Taman Kanak-kanak Islam Terpadu, Corps Dakwah Pemuda dan Remaja, pendirian Sekolah Dasar Islam Terpadu dan berbagai kegiatan sosial lainnya. Di tahun 2011 nama Yayasan berganti menjadi Yayasan Insan Utama Yogyakarta dengan Akta Notaris Tri Diyani Kelasworo Djati, SH no. 54 tahun 2011 dan terdaftar di Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia RI dengan nomor : AHU-3554.AH.01.04 tahun 2011. Kantor Yayasan yang pada saat berdiri berlokasi di Jl. Kapten Piere Tendean no. 59 Yogyakarta, sejak tahun 2004 berpindah di Komplek Pendidikan Islam Terpadu Insan Utama yang berlokasi di Jl. Brawijaya, Gatak RT 01. Tamantirto, Kasihan, Bantul, DIY.